EN590ディーゼル燃料や船舶用燃料（MDOやMGO）を使用する船舶や船団（曳航船、浚渫船、補給船、トロール船、マグロ漁船などの漁船など）については、XBEE専用の手動ポンプを設置することを推奨します。これにより、燃料の量に応じて、ペール缶を使い、点検用ハッチから船倉にXBEEを注ぐことが可能になります。また、一方がXBEE供給源に直接接続され、他方がエンジンの燃料ラインに挿入された電動ポンプを、好ましくは船倉に入る手前に設置することも考えられます。
こうすれば、燃料改良が自動的に行われ、XBEEの在庫量を監視する必要がなくなります。
重油IFO380や、IFO180cStを含む30〜700センチストークスのグレードの重油を燃料とする船舶には、XBEEを燃料と混合しやすい細かな液滴の状態で噴射するための高圧スプレー付きポンプを設置してもよいでしょう。重油（約960～1,010kg/m3）とXBEE（795kg/m3）の比重の違いからこのような設定を推奨していますが、必須ではありません。添加剤の添加は、充填時に燃料供給ラインで行ってもいいのですが、タンクの清浄度によっては、船倉と沈殿槽の間の燃料ラインで行うべきかもしれません。
XBEEは燃焼点からできるだけ離れた場所、つまりタンクや船倉に注入することが望ましいです。燃料を入れる前に、燃料洗浄添加剤XBEEをタンクまたは船倉に注入することを強くお勧めします。流入する燃料の流れによって生じる乱流により、二つの液体を効果的かつ迅速に混合することができます。
軽質油に添加した後、わずか30分で酵素が触媒作用を開始するので、XBEEはほぼ瞬時に活性化されます。このプロセスは重質油の場合もう少し時間がかかり、低温だと最大24時間を要します。
弊社の研究所では、燃料の種類に関係なく、一般的に燃料4,000リットルに対してXBEEを1リットル添加すること（4,000:1）を推奨しています。これは、製品の技術面の効率性と経済面の採算性の両面に照らして最適な比率であり、牧野真司博士が推奨している値です。
直射日光、とくに紫外線に長時間さらすと、製品に含まれる酵素が失活し、効果に影響が出る恐れがあります。酵素燃料処理XBEEの梱包はすべて、紫外線の侵入を防ぐために不透明になっているか、あるいは透明な容器については紫外線透過防止剤が含まれています。それでもなお、燃料添加剤XBEEは屋外で保管せず、直射日光を避けるようにすることをお勧めします。
天然燃料洗浄剤XBEEで重質油を改質する場合、燃料の加熱温度の影響を考慮しなければなりません。実際、酵素は80～90℃を超える温度で破壊される恐れがあります。そのため、加熱された燃料が30℃から高くても60～70℃の温度である状態で燃料添加剤を添加することが望ましいです。
